Neues Jahr, neue Variante von SARS-CoV-2: Resolutionen zu genomischen Überwachungsprotokollen für Omicron
Mar 27, 2022
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Das Auftauchen von SARS-CoV-2-Varianten mit verbesserter Übertragbarkeit und teilweiseimmunFlucht (auch bekannt als Variants of Concern, VOC) hat das zweite Jahr der COVID-19-Pandemie geprägt. Die genomische Überwachung ermöglicht die Identifizierung versteckter, sich schnell ausbreitender Abstammungslinien und VOCs, bevor sie zu einer Bedrohung für die öffentliche Gesundheit werden. Das chilenische Institut für öffentliche Gesundheit (Instituto de Salud Publica, ISP) hat Initiativen zur genomischen Überwachung von SARS-CoV-2 in Chile geleitet. Anhand von Sequenzierungsdaten hat der ISP die Einführung von VOCs signalisiert und ihre Übertragbarkeit und Mutationssignaturen charakterisiert, was zu einem besseren Verständnis der lokalen Merkmale der Pandemie beiträgt.1

cistanche propiedades: teilweiseimmunFlucht
Bis zum 17. Dezember 2021 hatte sich das neu aufgetauchte Omicron VOC schnell in 89 Ländern verbreitet, darunter Chile.2 Bis zum 21. Dezember hatte der ISP 119 Proben als Omicron identifiziert. Davon entsprechen 118 Ankünften am SCL-Flughafen und einer der Community-Übertragung (Abbildung 1a, b). Obwohl die epidemiologischen Merkmale von Omicron noch untersucht werden, deuten aktuelle Berichte auf zwei besorgniserregende Tatsachen hin: Erstens kann Omicron sowohl der natürlichen als auch der durch Impfstoffe hervorgerufenen Neutralisierung weitgehend entkommen, wodurch die Wahrscheinlichkeit einer erneuten Infektion und von Durchbruchinfektionen erhöht wird.

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Speziell,Omicron ist immunFlucht würde die Wirksamkeit des Impfstoffs gegen symptomatische Erkrankungen auf 35 Prozent bzw. 73 Prozent für 2x frisch geimpfte bzw. geboosterte Personen reduzieren, wenn man mRNA-Impfstoffe in Betracht zieht (BNT162b2 von Pfifizer-BioNTech).3 Darüber hinaus scheint dieser Schutz vor einer Infektion innerhalb weniger Monate nachzulassen Die Fluchtrate ist bei einer heterologen BNT162b2-Auffrischimpfung bei Personen, die vollständig mit dem inaktivierten Virusimpfstoff von Sinovac, CoronaVac, vollständig geimpft wurden, viel höher Prozent hat eine Auffrischimpfung6 (Abbildung 1c), die meisten verabreichten Dosen entsprechen CoronaVac (55,3 Prozent), gefolgt von BNT162b2 (36,4 Prozent, typischerweise Auffrischimpfung),7 und riskieren somit eine weitere Welle.4

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Zweitens erreichte Omicron anfangs und in Ermangelung neuer NPIs eine Verdopplungszeit von 1,5- 3 Tagen8 und verbreitete sich somit schneller als Delta VOC. Dies wird jedoch besser durch Omicron's Extensive erklärtimmunFlucht statt einer inhärenten Erhöhung der grundlegenden Übertragbarkeit.9 Daher können strengere NPI die Übertragung erheblich reduzieren. Auch wenn der Schutz vor schweren Verläufen für Omicron-Infektionen zu bestehen scheint, gefährdet eine hohe Inzidenz in der Bevölkerung die korrekte Funktion kritischer Infrastrukturen, da große Teile der Belegschaft Tests und Quarantäne benötigen würden. Daher ist es für eine fundierte Entscheidungsfindung von grundlegender Bedeutung, die zirkulierenden Varianten und Eigenschaften durch genomische Überwachung zu bestimmen.
Obwohl die genomische Überwachung eine Momentaufnahme der zirkulierenden Varianten und ihrer Mutationssignaturen liefert, hängt ihre Zuverlässigkeit von der Qualität des Probenahmeprotokolls ab. Im Folgenden fassen wir die offiziellen Empfehlungen für die genomische Überwachung10 in vier einfachen Regeln zusammen, die für ein robustes Probenahmeprotokoll für die genomische Überwachung von SARS-CoV-2 zu berücksichtigen sind: die CARD-Regeln:
1. Koordiniert: Die Bemühungen verschiedener Stellen sollten zentral gelenkt und harmonisiert werden, um Auswahlverzerrungen zu vermeiden, Repräsentativität zu gewährleisten, die Ressourcenzuweisung zu optimieren und Probenahmeprotokolle zu standardisieren. Diese Stelle sollte auch die Transparenz der Probenahmeprotokolle sicherstellen, die zusammen mit den Genominformationen an GISAID gemeldet werden sollten.
2. Adaptiv: Die Sequenzierungsintensität sollte erhöht werden, um eine bessere Auflösung bereitzustellen, wenn eine neue Variante an POEs signalisiert und in der Gemeinschaftsübertragung erkannt wird, und auf ihre Grundlinienrate verringert werden, wenn eine Variantendominanz festgestellt wird. Damit kann die Politik präventiv agieren (vgl. Abbildung 1d).
3. Repräsentativ: Probenahmeprotokolle sollten räumliche Heterogenitäten erfassen, auf unterschiedliche ethnografische Gruppen abzielen, potenzielle Kollisionsverzerrungen berücksichtigen (z. B. als Probenahme nur symptomatische oder nicht geimpfte Personen oder aus derselben Ansteckungskette) und proportional zur aktuellen Inzidenz sein Repräsentativität bewahren. In Ländern wie Chile, wo urbane Zentren dünn verteilt sind, muss die Repräsentativität auf regionaler Basis gewährleistet sein.
4. Unterschiedlich: Proben, die an (i) Eingangspunkten (POEs) und (ii) Überwachungszentren entnommen wurden, sollten getrennt behandelt und analysiert werden, da sie unterschiedlichen Zwecken dienen. Sobald neuartige Bedrohungen an POEs erkannt werden, sollte das Community-Sampling erhöht werden, damit die frühe Ersetzungsdynamik zwischen Varianten genau erfasst wird.

Da wir Omicron bereits bei der Übertragung durch die Gemeinschaft entdeckt haben, sollten die chilenischen Politiker die Strenge der nicht-pharmazeutischen Interventionen dynamisch anpassen, um seine Ausbreitung zu verhindern, und gleichzeitig größeren Teilen der Bevölkerung Booster-mRNA-Impfstoffe anbieten.11 In dieser Phase ist die genomische Überwachung für die Bereitschaft und die politischen Entscheidungsträger von entscheidender Bedeutung nicht nur darauf abzielen, auf der Welle zu surfen, sondern auch von ihr zu lernen. Insgesamt haben wir größere Erfolgschancen, wenn wir unsere KARTEN richtig ausspielen.

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Verweise
1 Orostica KY, Contreras S, Mohr SB, et al. Mutationssignaturen und Übertragbarkeit von SARS-CoV-2 Gamma- und Lambda-Varianten. arXiv-Vordruck arXiv:2108.10018. 2021.
2 Viana R., Moyo S., Amoako DG, et al. Rasche epidemische Ausbreitung der SARS-CoV-2-Omicron-Variante im südlichen Afrika. Natur. 2022.
3 Cele S., Jackson L., Khoury DS, et al. Omicron entgeht weitgehend, aber unvollständig der Neutralisierung durch Pfifizer BNT162b2. Natur. 2021.
4 Perez-Then E, Lucas C, Monteiro VS, et al. Immunogenität von heterologem BNT162b2-Booster bei vollständig geimpften Personen mit CoronaVac gegen die SARS-CoV-2-Varianten Delta und Omicron: die Erfahrung der Dominikanischen Republik. medRxiv. 2021.
5 Lu L., Mok B. W., Chen L., et al. Neutralisierung der SARS-CoV-2-Omicron-Variante durch Seren von BNT162b2- oder Coronavac-Impfstoffempfängern. Clin Infect Dis. 2021:ciab1041.
6 Mathieu E., Ritchie H., Ortiz-Ospina E. et al. Eine globale Datenbank mit COVID-19-Impfungen. Nat-Hum-Verhalten. 2021: 1–7.
7 168 Grad informe epidemiologico, informe incidencia y gravedad de Casos covid-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estra tegia Nacional de Tta [Internet]. Departamento de Estadisticas e Informacion de Salud. [zitiert vom 13. Januar 2022].
8 Torjesen I. Covid-Beschränkungen verschärfen sich, da sich die Omicron-Fälle alle zwei bis drei Tage verdoppeln. BMJ. 2021;375:n3051
9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ, et al. SARS-CoV-2 Omi cron VOC-Übertragung in dänischen Haushalten. medRxiv. 2021 Dez.
10 Weltgesundheitsorganisation. Anleitung zur Überwachung von SARS-CoV-2-Varianten. Vorläufige Führung. [Internet] 9. August 2021.
11 Bauer, S., Contreras, S., Dehning, J., et al. Die Lockerung der Beschränkungen im Impftempo erhöht die Freiheit und schützt vor weiteren COVID-19-Wellen. PLoS Computer Biol. 2021;17:(9)e1009288
